A pesar de que no se apliquen para todos los usuarios, también podemos encontrar algunas desventajas en la utilización de Linux:
-Como la mayoría de los usuarios venimos utilizando Windows por algunos años, o es lo único que conocemos de computación, puede llegar a ser difícil deshacernos de los paradigmas que se han forjado con su utilización, y aunque es muy similar su uso, no es exactamente igual, por lo que si venimos del mundo Microsoft sería un poco difícil, al principio, la adaptación.
-A pesar de la gran cantidad de software que existe, y de las versiones libres de los programas más utilizados, específicamente con Autocad, aunque tengamos programas similares, no son tan complejos como éste. Aunque se espera que en futuro próximo sea exportado a esta plataforma, Autodesk ya ha comenzado a exportar programas de diseño hacia Linux.
-Al existir un gran número de distribuciones, puede llegar a causar confusión en los usuarios nuevos, ya que específicamente para el manejo de programas y paquetes, los comandos entre las tres distribuciones base son diferentes. Aunque este punto es considerado por Linus Torvalds, como ventaja.
Una desventaja muy marcada anteriormente era la compatibilidad con el hardware, pero con las nuevas versiones del kernel de Linux, es mucho más fácil instalar nuevos componentes de una computadora, y la mayoría de las instalaciones no se require nada más porque lo reconoce e instala automáticamente. Por mi experiencia en la instalación de Windows, he comprobado que existe una diferencia enorme entre la simplicidad de la instalación de Linux con respecto a la de Windows, específicamente en la instalación de controladores.